Il réside en Touraine, à Chaumussay (Indre-et-Loire), où il est cofondateur, avec Jean-Marie Laclavetine et Jean-Jack Martin, de "l'école de Chaumussay". Il a reçu en 2005 le prix Édouard-Glissant pour l'ensemble de son oeuvre. De lui, les Éditions Gallimard ont publié "Rimbaud" et "Zone bleue". Il a également participé aux ouvrages collectifs "Un Sieur Rimbaud se disant négociant", "Carnets de Sarajevo 1", "Défense et illustration de la langue française aujourd'hui".
Le Prix François Mauriac (1885-1970) a été créé en 1985, puis relancé par le Conseil régional d'Aquitaine en 2002 à l'occasion du 50e anniversaire du Prix Nobel de François Mauriac. Le Conseil régional l'a doté de 8.000 euros et en a confié la gestion au Centre François Mauriac de Malagar, la résidence de l'écrivain, près de Bordeaux.
Alain Borer succède à l'écrivain algérien Kamel Daoud pour "Meursault, contre-enquête" aux éditions Actes Sud, et à Jérôme Garcin pour "Bleus Horizons" (Gallimard).